Μετά τη μάχη για τη Super Earth, οι παίκτες αντιμετωπίζουν δυσκολίες με τους επιθετικούς Automatons και Terminids. Η προσαρμογή στη μάχη με αυτές τις φατρίες απαιτεί πειραματισμό με νέα εξοπλισμένα και ρύθμιση επιπέδων δυσκολίας. Η νίκη κατά των Illuminate δεν σημαίνει ότι οι άλλες φατρίες δεν παραμένουν απειλητικές.