Ο προγραμματισμός για τις Αναβάθμιση είναι κρίσιμος για την αποφυγή σπατάλης χρόνου. Η σωστή χρήση των Ζαχαρωτών μπορεί να επιταχύνει την πρόοδο. Οι παίκτες του Cookie Clicker πρέπει να προσέχουν τα Χρυσά Μπισκότα για μέγιστη πρόοδο. Το παιχνίδι προσφέρει πολλές ευκαιρίες για γρήγορη πρόοδο και κέρδη.