Το Warhammer 40K: Boltgun διαθέτει λειτουργία ιστορίας και Horde Mode. Στη λειτουργία Horde, οι παίκτες επικεντρώνονται στη μάχη με αιρετικούς, ενώ η ιστορία αποκαλύπτει νέα όπλα. Για να ξεκινήσει η Horde Mode, οι παίκτες πρέπει να βρουν το Boltgun και να ολοκληρώσουν γύρους για προμήθειες και νέες προκλήσεις.
