Το Persona 5: The Phantom X διαθέτει πολύπλοκο σύστημα μάχης με σημαντικά status effects, τόσο στοιχειακά όσο και πνευματικά, που επηρεάζουν την έκβαση των μαχών. Κάθε κατηγορία έχει μοναδικές επιδράσεις, ενώ η σωστή διαχείρισή τους ενισχύει την αποτελεσματικότητα της ομάδας και προσφέρει στρατηγικό βάθος στο παιχνίδι.

Το Persona 5: The Phantom X υιοθετεί μηχανισμούς gacha, διαφοροποιώντας την ιστορία και το Metaverse. Οι Phantom Idols είναι χαρακτήρες που λειτουργούν ως μέλη της ομάδας, χωρίς να χρειάζεται να εισαχθούν στην ιστορία. Δημιουργούνται από ανθρώπους με ισχυρή θέληση, ακόμα κι αν δεν έχουν ξυπνήσει σε Persona.

Η καλοσύνη είναι μια κοινωνική στατιστική στο Persona 5: The Phantom X, απαραίτητη για να ξεκλειδώσετε καλύτερα προνόμια κηπουρικής και βαθμούς συνεργασίας με τη Yui. Οι παίκτες πρέπει να συμμετάσχουν σε διάφορες δραστηριότητες για να την αυξήσουν, όπως παρακολούθηση ταινιών και καλλιέργεια φυτών, με περιορισμούς στις ημερήσιες ενέργειες.