Το Persona 5: The Phantom X υιοθετεί μηχανισμούς gacha, διαφοροποιώντας την ιστορία και το Metaverse. Οι Phantom Idols είναι χαρακτήρες που λειτουργούν ως μέλη της ομάδας, χωρίς να χρειάζεται να εισαχθούν στην ιστορία. Δημιουργούνται από ανθρώπους με ισχυρή θέληση, ακόμα κι αν δεν έχουν ξυπνήσει σε Persona.

Η καλοσύνη είναι μια κοινωνική στατιστική στο Persona 5: The Phantom X, απαραίτητη για να ξεκλειδώσετε καλύτερα προνόμια κηπουρικής και βαθμούς συνεργασίας με τη Yui. Οι παίκτες πρέπει να συμμετάσχουν σε διάφορες δραστηριότητες για να την αυξήσουν, όπως παρακολούθηση ταινιών και καλλιέργεια φυτών, με περιορισμούς στις ημερήσιες ενέργειες.

Κάθε Persona του Phantom Thief έχει πολλές ικανότητες που ξεκλειδώνονται καθώς ανεβαίνουν επίπεδο στο Persona 5 Phantom X. Εκτός από τις κανονικές ικανότητες, κάθε χαρακτήρας διαθέτει μια μοναδική Highlight Attack, ισχυρή ικανότητα που ενεργοποιείται κάθε λίγες στροφές. Η ενέργεια για τις Highlight Attacks φορτίζεται με επιθέσεις εναντίον εχθρών.

Ο κύριος χαρακτήρας, Wonder, μπορεί να εξοπλίσει και να αλλάξει πολλές Personas, κάτι που καθιερώθηκε από το Persona 3. Στο Persona 5: The Phantom X, ξεκινά με μία μόνο Persona, αλλά γρήγορα συλλέγει περισσότερες μέσω Gacha, μάχης ή συγχώνευσης. Μπορεί να αλλάξει Personas σε οποιαδήποτε στιγμή εκτός μάχης και κατά τη διάρκεια της μάχης.