Κάθε Persona του Phantom Thief έχει πολλές ικανότητες που ξεκλειδώνονται καθώς ανεβαίνουν επίπεδο στο Persona 5 Phantom X. Εκτός από τις κανονικές ικανότητες, κάθε χαρακτήρας διαθέτει μια μοναδική Highlight Attack, ισχυρή ικανότητα που ενεργοποιείται κάθε λίγες στροφές. Η ενέργεια για τις Highlight Attacks φορτίζεται με επιθέσεις εναντίον εχθρών.

Η καλοσύνη είναι μια κοινωνική στατιστική στο Persona 5: The Phantom X, απαραίτητη για να ξεκλειδώσετε καλύτερα προνόμια κηπουρικής και βαθμούς συνεργασίας με τη Yui. Οι παίκτες πρέπει να συμμετάσχουν σε διάφορες δραστηριότητες για να την αυξήσουν, όπως παρακολούθηση ταινιών και καλλιέργεια φυτών, με περιορισμούς στις ημερήσιες ενέργειες.

Το Persona5: The Phantom X περιλαμβάνει πέντε Κοινωνικά Στατιστικά που πρέπει να αναβαθμιστούν: Γνώση, Θάρρος, Γοητεία, Ικανότητα και Καλοσύνη. Κάθε στατιστικό μπορεί να φτάσει μέχρι το 20 και απαιτεί πολλούς Σημείους Δράσης. Η ανάγνωση βιβλίων είναι σημαντική για την αύξηση αυτών των στατιστικών. Υπάρχουν 28 βιβλία διαθέσιμα προς αγορά.

Ο κύριος χαρακτήρας, Wonder, μπορεί να εξοπλίσει και να αλλάξει πολλές Personas, κάτι που καθιερώθηκε από το Persona 3. Στο Persona 5: The Phantom X, ξεκινά με μία μόνο Persona, αλλά γρήγορα συλλέγει περισσότερες μέσω Gacha, μάχης ή συγχώνευσης. Μπορεί να αλλάξει Personas σε οποιαδήποτε στιγμή εκτός μάχης και κατά τη διάρκεια της μάχης.

Το Persona 5: The Phantom X υιοθετεί μηχανισμούς gacha, διαφοροποιώντας την ιστορία και το Metaverse. Οι Phantom Idols είναι χαρακτήρες που λειτουργούν ως μέλη της ομάδας, χωρίς να χρειάζεται να εισαχθούν στην ιστορία. Δημιουργούνται από ανθρώπους με ισχυρή θέληση, ακόμα κι αν δεν έχουν ξυπνήσει σε Persona.

Το Persona5: The Phantom X είναι ένα spin-off που ακολουθεί πιστά τη φόρμουλα του Persona 5, με νέο πρωταγωνιστή και γνώριμα στοιχεία, αλλά προσθέτει μηχανισμούς gacha και premium νομίσματα. Παρά το ενδιαφέρον καστ και το καλοφτιαγμένο σύστημα μάχης, του λείπει η πρωτοτυπία και η αίσθηση πραγματικής ανανέωσης.