Η κύρια αποστολή του Dune: Awakening αναγκάζει τους παίκτες να εγκαταλείψουν τη βάση τους στην περιοχή Hagga Basin South. Υπάρχουν τρόποι να σώσουν τα αντικείμενα τους και να προχωρήσουν στην ιστορία. Μπορούν να εγκαταλείψουν τη βάση μέσω χάρτη ή εργαλείου κατασκευής και να επανακαταλάβουν τη βάση αμέσως μετά.
