Οι κυβερνήσεις στο Crusader Kings 3 καθορίζουν την εμπειρία των ηγεμόνων και των βασιλείων τους, προσφέροντας διαφορετικούς μηχανισμούς και δραστηριότητες. Ορισμένοι τύποι κυβερνήσεων είναι ισχυρότεροι από άλλους, μερικοί απαιτούν DLC, ενώ άλλοι προσφέρουν μοναδικές δυνατότητες. Οι νομάδες είναι οι καλύτεροι για απόκτηση δύναμης, αλλά δυσκολεύονται να διατηρήσουν μεγάλες αυτοκρατορίες.